Paleogenomika a proč číst starou RNA
Studie publikovaná v prestižním časopise Genome Research se věnuje paleogenomice, tedy zkoumání vyhynulých druhů podle staré DNA. Tradičně se tato oblast opírala hlavně o sekvenaci genomu, která ukáže, které geny druh měl. Autoři ale šli dál a použili analýzu RNA — molekuly, která odráží skutečnou aktivitu genů v dané tkáni. Ve vedení výzkumu byl Marc R. Friedländer z Univerzity ve Stockholmu, který spolupracoval s několika vědeckými centry ve Švédsku.
Genetické zkoumání se zaměřilo na tilacina, vačnatce a predátora, vyhubeného v důsledku intenzivního lovu a ztráty přirozeného prostředí. Poslední známý tilacin zemřel v roce 1936 a jeho vzorky jsou uloženy ve Švédském muzeu přírodní historie. Tyto materiály, skladované v suchých podmínkách při pokojové teplotě, poskytly klíčová data pro studii.
Jak to dělali — metodika a přístupy
Pro analýzu RNA použili přístup nazvaný metatranskriptomika, který umožňuje identifikovat všechny molekuly RNA ve vzorku. Laboratoře byly speciálně upravené pro práci se starými molekulami a dodržovaly přísná opatření, aby se vyloučila moderní kontaminace. Jak se očekávalo, většina sekvencí odpovídala dříve známému genomu tilacina, což potvrdilo vysokou autentičnost dat a minimální lidskou kontaminaci.
Co říkaly tkáně — funkční čtení
Analýza svalové a kožní tkáně odhalila zajímavé informace o fyziologii zvířete. Ve svalovině se našly genové profily spojené s pomalými svalovými vlákny, především v oblasti lopatky. Kožní vzorky obsahovaly hlavně RNA sekvence keratinu a také stopy hemoglobinu, což naznačuje, že při preparaci byla přítomná krev. I když je kůže náchylnější k vnější kontaminaci, sekvence tilacina převažovaly.
Další nálezy a význam studie
Během výzkumu vědci identifikovali řadu microRNA, tedy malých molekul regulujících produkci bílkovin, včetně variant specifických pro tento druh — což bylo možné potvrdit jen díky analýze RNA. Tato nová data pomohla lépe anotovat genom tilacina, což usnadní budoucí srovnání s dnešními druhy a sníží chyby v dalších studiích. Výzkum rovněž odhalil náznaky starých RNA virů, což naznačuje, že muzea mohou vystupovat jako archivy evoluce virů.
Tento průlomový výzkum ukazuje, že analýza staré RNA významně rozšiřuje naše chápání funkcí vyhynulých organismů, a zdůrazňuje, že muzea nejsou jen sklady vzorků, ale mohou fungovat jako aktivní archivy biologické a virové historie. Závěry studie zároveň otevřely nové možnosti pro muzeologii a paleobiologii, ale také připomněly, že výzkumníci musí pracovat opatrně při interpretaci a při snaze reprodukovat nálezy v dalších studiích.
